24 września na olimpijskiej bieżni w Seulu Johnson pokonał legendarnego Amerykanina Carla Lewisa w finale biegu na 100 m, poprawiając własny rekord świata (9,79). Wynik byłby jeszcze lepszy, gdyby przed metą nie wyciągnął ręki w geście triumfu. Rywalizacja tych dwóch atletów elektryzowała wówczas kibiców od wielu miesięcy. W 1987 roku Johnson pokonał Lewisa w mistrzostwach świata w Rzymie; czasem 9,83 ustanowił rekord globu.
Olimpijski rok 1988 nie rozpoczął się jednak dla niego udanie. W lutym doznał kontuzji, która w maju odnowiła się i pogłębiła. Tymczasem w czerwcu, w Paryżu, jego wielki rywal przebiegł "setkę" w 9,99. Potem w mityngu w Zurychu obaj spotkali się po raz pierwszy od rzymskich mistrzostw i Lewis pewnie zwyciężył. - Złoty medal igrzysk jest mój. Już nigdy nie przegram z Johnsonem - zapowiadał wtedy Amerykanin. Jego słowa okazały się prorocze, chociaż nikt nie mógł przewidzieć dramaturgii wydarzeń w Seulu. Wielka radość Johnsona z olimpijskiego sukcesu trwała tylko 70 godzin. Wyniki kontroli antydopingowej były dla pochodzącego z Jamajki sprintera druzgocące. Został zdyskwalifikowany i pozbawiony złotego medalu po ujawnieniu, że stosował steryd o nazwie stanozolol. W trzy dni po wielkim triumfie stał się "zhańbionym przestępcą" dopingowym i "czarną owcą" światowego sportu.
Mistrzem olimpijskim został w tej sytuacji Lewis, a Johnsona odesłano do domu. Po powrocie do Kanady bronił się, że inni też stosują doping i nie są karani. Potem sam przyznał, że przyjmował sterydy anaboliczne, gdy w 1987 roku ustanowił rekord świata. IAAF anulowało także i ten wynik. Reakcja w Kanadzie na sukces Johnsona w Seulu była euforyczna. W gazetach pisano "Benfastic" ("Toronto Star", 25 września), ale później czytelnicy czytali o upadku trzydniowego idola. Prasa obwiniała Johnsona pytając dramatycznie: "Dlaczego Ben, dlaczego to zrobiłeś?" ("Toronto Sun", 26 września). W pierwszym tygodniu po skandalu kanadyjskie gazety poświęcały mu od 5 do 8 stron dziennie.
Utworzono rządową komisję śledczą, której przewodniczył Charles Dubin. Przed nią Johnson przyznał się do kłamstwa. Jego trener Charlie Francis zeznał, że zawodnik używał sterydów od 1981 roku. Prace komisji trwały 91 dni (od stycznia 1989). Transmitowano je na żywo w telewizji. Wezwano 122 świadków, w tym zawodników, trenerów, działaczy, przedstawicieli MKOl, lekarzy, a nawet członków administracji rządowej. W wydanej później książce "Speed Trap" (Pułapka szybkości) Francis ujawnił, że jego podopieczni używali sterydów anabolicznych, tak jak inni czołowi sportowcy. Wykazywał jednak, że Johnsona nie powinno się karać za stanozolol, bo w tym czasie stosował... furazabol.
W 1991 roku, gdy skończyła się kara dyskwalifikacji, sprinter próbował wrócić do sportu, ale bez większych sukcesów. Odpadł w półfinale biegu na 100 m podczas igrzysk w 1992 roku w Barcelonie. Jego kariera skończyła się definitywnie, gdy w 1993 roku w Montrealu znowu miał wpadkę dopingową - tym razem wykryto w jego organizmie nadmiar testosteronu. IAAF zdyskwalifikowało go dożywotnio, a kanadyjski minister sportu Pierre Cadieux nazwał lekkoatletę "narodową hańbą" i zasugerował, by wrócił na Jamajkę. Johnson skwitował to słowami: "To najbardziej obrzydliwy komentarz na mój temat, jaki słyszałem".
W 1999 roku świat ponownie usłyszał o nim, gdy przywódca Libii Muammar Kadafi zaangażował go jako trenera dla swego syna Al-Saadiego, który chciał grać we włoskim klubie piłkarskim. Al-Saadi został zawodnikiem Serie A, ale zwolniono go po pozytywnym wyniku testu antydopingowego. W styczniu 2001 roku stwierdził w jednym z wywiadów, że w Seulu padł ofiarą spisku. Poza tym utrzymywał, że 40 procent sportowców stosuje niedozwolone środki. Oskarżył o to także Lewisa, którego doping miał być w Seulu zatuszowany.
Johnson mieszka obecnie w Markham w prowincji Ontario. Jest trenerem, dużo czasu spędza z córką i wnuczką. W wydanej w 2010 roku autobiografii "Seoul to Soul" opisuje swoje trudne dzieciństwo i lata kariery sportowej. Sugeruje, że w poprzednim wcieleniu był faraonem.eb, pap