Legia i Wisła zajęły drugie miejsca w swoich grupach (odpowiednio C i K). Przed losowaniem znalazły się w jednym "koszyku" łącznie z pozostałymi 10 uczestnikami LE z tej pozycji oraz czterema z gorszym bilansem z ośmiu, które trafiły do tych rozgrywek z Ligi Mistrzów. Zwycięzcy grup LE i cztery ekipy z lepszym bilansem spośród tych, które zajęły trzecie lokaty w grupach LM, zostały rozstawione. Dzięki temu w 1/16 finału - mecze 16 i 23 lutego 2012 roku - rewanże zagrają przed własną publicznością. Par nie mogą stworzyć kluby z tego samego kraju oraz te, które rywalizowały ze sobą w fazie grupowej. Oznacza to, że Wisła na pewno nie zagra z Twente Enschede, a Legia z PSV Eindhoven.
Podział na koszyki przed losowaniem 1/16 i 1/8 finału LE:Drużyny rozstawione: Manchester City, Manchester United, Valencia, Olympiakos Pireus, Sporting Lizbona, Besiktas Stambuł, Athletic Bilbao, Schalke 04 Gelsenkirchen, Twente Enschede, Anderlecht Bruksela, PSV Eindhoven, Metalist Charków, Standard Liege, PAOK Saloniki, FC Brugge, Atletico Madryt
Drużyny nierozstawione: Legia Warszawa, Wisła Kraków, Lazio Rzym, Stoke City, FC Salzburg, Steaua Bukareszt, Lokomotiw Moskwa, Sporting Braga, Hannover 96, Rubin Kazań, AZ Alkmaar, Udinese Calcio, Trabzonspor, Ajax Amsterdam, FC Porto, Viktoria Pilzno.PAP, arb